Система WCS відповідає за планування між системою та обладнанням і надсилає команди, видані системою WMS, кожному обладнанню для скоординованої роботи. Існує постійний зв'язок між обладнанням і системою WCS. Коли обладнання виконує завдання, система WCS автоматично виконує розміщення даних за допомогою системи WMS.